故事圍繞著搶奪武學至寶《辟邪劍譜》而展開。《辟邪劍譜》是福州福威鏢局林家的家傳劍譜，相傳鏢局創辦人林遠圖當年以辟邪劍法揚名武林，但鏢局第三代傳人林震南卻武功平庸。四川青城派掌門余滄海認為林震南練劍不得其法，意圖侵佔劍譜，結果將福威鏢局滅門仍遍尋不獲。唯一倖存的林家少爺林平之，得到五嶽劍派之一的華山派掌門岳不羣所救並收為弟子。
而故事的主角令狐冲是岳不羣首徒。令狐冲本是一名孤兒，生性無憂無慮，逍遙自在，人品正直，但嗜酒如命。他從採花大盜田伯光手上救走恆山派小尼姑儀琳，後來卻與這名臭名遠播的淫賊成為好友。同時衡山派劉正風宣佈退出江湖，並廣邀各方英雄出席他的金盆洗手儀式。但五嶽劍派盟主嵩山派掌門左冷禪等正派認為劉正風與日月神教（正派稱魔教）長老曲洋交往對五嶽劍派不利。最後劉、曲二人受嵩山派追殺，在重傷下自盡身亡，臨終前將合編的《笑傲江湖》琴簫曲譜交給令狐冲。
令狐冲本與岳不羣獨女岳靈珊青梅竹馬，但林平之拜入華山派門下後不久，令狐冲因被指在衡山結交田伯光及曲洋等邪派人士，被岳不羣罰往後山的思過崖面壁思過一年，令狐冲在思過崖上失手彈下小師妹岳靈珊的碧水劍後，漸漸失去她的愛意，岳靈珊就在這年與林平之發生感情。令狐冲在崖上山洞中發現了五嶽劍派招式及日月教長老破解之法的石刻，後來更遇見華山派劍宗前輩風清揚。令狐冲不僅從中學會了五嶽劍派的劍招，還不自覺地學上了日月教長老的招式，更得風清揚傳授了石破天驚的「獨孤九劍」。
自稱名門正派的五嶽劍派，表面上是同氣連枝的聯盟，但劍派之間卻各有盤算。嵩山派掌門左冷禪雖已為五嶽劍派盟主，但意欲吞併其他四派。他暗中協助華山派劍宗高手，上華山挑戰出身氣宗的掌門岳不羣，令狐冲雖然用新學的「獨孤九劍」擊敗劍宗門人及嵩山派的突擊，卻因此身受重傷；又因履行對風清揚的承諾，無法向岳不羣透露劍法大進的原由，令岳不羣對他起了疑心。加上與令狐冲友好的六師弟陸大有被殺，華山派武功秘笈《紫霞秘笈》失蹤，華山派上下都對他起疑。
桃谷六仙以及不戒和尚嘗試醫治令狐冲的傷勢，可是各人堅持用自己的方法，不但醫不好令狐冲，還前後將八道真氣灌積在令狐冲體內，宣泄無門，使令狐冲內力全失，性命垂危。岳不羣為逃避嵩山派的襲擊，率領華山派眾到達洛陽，拜會林平之的外公金刀門掌門王元霸。令狐冲卻在洛陽結識在當地隱居的日月神教聖姑、前任教主任我行之女任盈盈；令狐冲因任盈盈不許他望到自己相貌，誤以為她是老婦，任盈盈則在與令狐冲長久相處下對他動情。華山派一行人離開洛陽後沿黃河東下，不斷有來歷不明的江湖人士為令狐冲治病，包括神醫「殺人名醫」平一指，原來都是任盈盈的手下暗中安排。岳不羣對令狐冲一再結交妖邪中人愈加不滿，對他日漸疏離，最後在五霸崗上棄他而去。令狐冲在五霸崗再遇平一指，但平一指說令狐冲經多人胡亂醫治，已經藥石無靈，平一指亦因而自殺。之後令狐冲再遇上任盈盈，發現她原來是妙齡少女，令狐冲助任盈盈擊退正派人士後暈倒，醒來發現自己身處少林寺。少林方丈方證大師告訴他，岳不羣已宣布逐他出華山派，自己則願意收他為弟子傳授《易筋經》為他療傷。
令狐冲因自此不容於正派而感到絕望，但亦不肯為了活命而改投少林。令狐冲離開少林寺之後，遇上受正邪各路人馬圍攻的向問天，因一時不忿而助他脫險，更與他結拜為兄弟。向問天得知令狐冲身體狀況及見識過他的劍法後，在令狐冲不知情之下，帶他來到杭州梅莊，利用他營救被日月神教現任教主東方不敗囚禁於莊內西湖底牢房內十二年的任我行。向問天利用梅莊四友愛好琴棋書畫的弱點，唆使他們安排令狐冲進入牢房與任我行比劍。任我行趁機用內力震暈各人，向問天再將令狐冲鎖在牢房中代替任我行，以掩人耳目。後來令狐冲在機緣下學會了任我行刻在鐵床上的「吸星大法」，在治好內傷之餘亦內力大增。一個月後，任我行回來與脫困的令狐冲相遇，以傳授化解吸星大法後遺症心得，希望他加入日月神教，但遭令狐冲所拒。
令狐冲與任我行和向問天分手，離開杭州南下福建，在途中遇見南下福州保護《辟邪劍譜》的一眾恆山派女尼，於是化身吳天德將軍暗中保護，並多番解救假扮日月神教教徒的嵩山派門人對恆山派的襲擊，後來帶領恆山派女尼南下的定靜師太被嵩山派門人圍攻而死，臨終前得知令狐冲身份，並託他護送恆山派弟子前往福州。令狐冲到達福州後，發現岳不羣夫婦及岳靈珊等華山派門人正協助林平之尋找《辟邪劍譜》。後來令狐冲在林家老宅中發現有兩名高手制伏林平之及岳靈珊，欲盜取劍譜。令狐冲擊倒二人後奪得劍譜，欲交還林平之，卻因創暈倒；醒來後發現劍譜失蹤，更被岳不羣及林平之指責他私吞劍譜，恆山派眾卻相信令狐冲清白。當兩派門人為令狐冲發生衝突時，意外發現勞德諾身上藏有失蹤多時的《紫霞秘笈》，因而证实是他殺死陆大有，勞德諾事敗後遺下秘笈逃走。
令狐冲離開華山派眾人後，護送恆山派弟子返回恆山，途中遇見衡山派掌門莫大，才知任盈盈當日為了救他，以自己囚禁在少林寺為條件，換取少林派傳授他《易筋經》，莫大更告知江湖人士結集上千人打算圍攻少林寺救出任盈盈。於是令狐冲將恆山派弟子交託莫大後，找上結集圍攻少林的群雄，成為領袖。在令狐冲的領導下，在武當山下無意中以獨孤九劍打敗喬裝打扮的武當掌門沖虛道長。當群雄來到少林寺，只見寺內空無一人，但發現恆山派掌門定閒師太在寺內遭到神秘殺害，定閒師太在臨終之前把掌門之位傳給令狐冲。令狐冲發覺正派在少林寺設空城計令群雄被圍在寺內，幸發現寺內秘道離開少林。之後令狐冲獨自返回少林尋找任盈盈下落，卻見任我行、向問天及任盈盈與一眾正派掌門現身少林。任我行為帶走任盈盈，與正派高手進行三場對決，任我行施奸計打敗少林方丈方證，卻不敵左冷禪「寒冰真氣」，最後任我行邀請令狐冲與冲虛道長進行第三場對決。冲虛表示早前在武當山下已敗給令狐冲，但岳不羣卻要與令狐冲進行第三場對決，並在對戰時施展令狐冲與岳靈珊自創的「冲靈劍法」，暗示會把岳靈珊許配令狐冲，誘使令狐冲認輸，反而使令狐冲心神恍惚之下以獨孤九劍打敗岳不羣，任盈盈因此得以離去。眾人為任我行驅走寒冰真氣後，任我行再次勸令狐冲加入日月神教，更以任盈盈的婚事希望打動他，令狐冲亦再次拒絕。
令狐冲往恆山就任掌門當日，左冷禪派人阻止不遂後，宣佈召開大會，欲強行將五嶽劍派合併成單一個五嶽派，自己便成為五嶽派的領袖。同日，少林方丈方證及武當掌門冲虛親臨恆山向令狐冲道賀，之後向令狐冲講及華山劍氣兩宗之爭及《辟邪劍譜》的源由，皆與一部叫《葵花寶典》的武功秘笈有關，更勸令狐冲出來阻止左冷禪吞併五嶽劍派的陰謀，令狐冲答應。
令狐冲協助任我行打敗東方不敗並重奪日月神教教主之位，但再次拒絕加入神教並離開黑木崖。五嶽劍派合併大會在嵩山封禪台召開，任盈盈喬裝為恆山派弟子與令狐冲一同出席。大會中泰山派內鬨，衡山派被威脅而屈服，令狐冲本想聯同岳不羣對抗左冷禪，反對五派合併，豈料岳不羣最後卻支持合併，並派出女兒岳靈珊施出華山思過崖上刻着的五嶽劍派的招式，將五嶽劍派的高手一一打敗。最後岳不羣用「辟邪劍法」將左冷禪打敗，並將左冷禪雙目刺盲，成為五嶽派的掌門。
令狐冲在併派大會中與岳靈珊比劍，卻變成二人一同施展自創的冲靈劍法，令狐冲卻因無法拋下舊情，一時分神而被岳靈珊刺傷。併派大會完結後，負傷的令狐冲與任盈盈及其他恆山派弟子離開嵩山途中，目睹林平之將余滄海等青城派眾盡情屠戮，但在殺死另一仇人木高峰時，雙目遭其背上駝峰的毒水弄盲。令狐冲與任盈盈後來偷聽到林平之跟妻子岳靈珊的對話，得知自己一向尊敬的師父岳不羣竟是個偽君子，處心積慮謀奪林家的《辟邪劍譜》，包括收林平之為徒，安排岳靈珊與林平之交好，更在奪取《辟邪劍譜》後誣陷令狐冲，並意圖殺死林平之，林平之為自保才娶岳靈珊為妻。而恆山派掌門定閒師太，亦是死於岳不羣的「辟邪劍法」。後來林平之意外取回劍譜，亦與岳不羣一樣，先引刀自宮再修練劍法，因此他與岳靈珊並無夫妻之實。後來勞德諾出現，表明自己嵩山派身份，受左冷禪指派投入華山派門下以便刺探情報，豈料岳不羣將計就計，故意讓他竊得假的《辟邪劍譜》予左冷禪，令左冷禪在爭奪五嶽派掌門時敗給岳不羣。勞德諾邀林平之投靠左冷禪，林平之為表忠而殺害岳靈珊。令狐冲現身使林平之與勞德諾倉皇而逃，但無法救得岳靈珊，只能看著她在自己懷中死去，並無奈答應了岳靈珊臨終所託，照顧失明的林平之。
後來岳不羣遇見令狐冲及任盈盈，令狐冲以「獨孤九劍」與岳不羣的「辟邪劍法」交手。令狐冲面對奇詭的「辟邪劍法」一度處於下風，後來因為看到劍法中的破綻打敗岳不羣；岳不羣敗陣後偷襲放過自己的令狐冲，最後掉入日月神教弟子設下的陷阱被擒。岳不羣妻子寧中則在旁目睹丈夫的所作所為，在令狐冲前自殺身亡。令狐冲念及與岳不羣師徒恩情而放他離去，任盈盈則迫岳不羣服食日月神教控制信徒的藥物「三尸腦神丹」。
最後高潮是岳不羣使計擄走恆山派眾，並將另外四嶽高手誘入華山思過崖的山洞內，不同門派因看到壁上招式而互相猜忌；而已瞎眼的左冷禪及林平之，帶同一群被令狐冲刺瞎的嵩山派弟子，利用山洞中漆黑環境大殺洞內四派門人。最後左冷禪在洞內襲擊令狐冲和任盈盈時，被令狐冲所殺，林平之亦被令狐沖生擒砍断四肢筋骨。岳不羣在洞口用網捕捉剛脫困的令狐冲及任盈盈，打算殺死二人，卻被儀琳從後用劍刺死。任我行率眾登臨華山，打算以武力征服已經四分五裂、人才凋零的五嶽派，又再迫令狐冲在一個月內將恆山派加入日月神教，否則攻打恆山；實際上任我行打算乘少林、武當兩派高手救助恆山派之機，突襲並一舉殲滅兩大門派。可是當任我行正在盤算其一統江湖的大計並沉醉其中時，不可一世的他突然暴斃。
任我行死後，任盈盈接掌了日月神教並與正派和解。三年後任盈盈服喪期滿，將教主之位傳給向問天，與令狐冲在杭州西湖梅莊成親。令狐冲亦將林平之關於梅莊底下黑牢，履行了對岳靈珊的承諾。婚後夫妻兩人淡泊權勢，決定退隱，笑傲江湖去也。